細菌非常古老、分布很廣泛，自人類誕生的那一刻起，它們就與人類組成了一個平衡而和諧的生態系統。人體內存在的共生微生物，數量超過1000萬億，數量是人體體細胞總數的10倍，它們大都是細菌。腸道是人體最大的一個微生態系統，腸道菌群種類繁多，并且與人體健康建立了密切的聯系，腸道微生物菌群又被稱為“被忽略的人體器官”，腸道菌群的改變與身體各大系統疾病均有密切關系，是近年來微生物學、醫學、基因學等領域最引人關注的研究焦點之一。
腸道菌群與如下疾病有關▼
1、消化系統：炎癥性腸病、腸易激綜合征、功能性消化不良、結直腸癌、非酒精性脂肪性肝病、肝硬化、胰腺疾病與腸道菌群的關系研究尤為密切。
2、神經系統：自閉癥、抑郁癥、精神分裂癥、神經性厭食癥、多發性硬化癥、癲癇、帕金森。大量臨床研究報道益生元或益生菌能減輕自閉癥、抑郁癥及其他神經系統疾病的癥狀。
3、內分泌系統：糖尿病、肥胖。
4、循環系統：動脈粥樣硬化。
5、呼吸系統：肺部感染性疾病、支氣管哮喘、慢性阻塞性肺病等，其中腸道菌群與機體免疫系統間的關系問題是呼吸系統與腸道菌群間關系的關鍵。
致病機理▼
腸道中許多細菌對人體是有益的，它們提供人體許多營養物質消化吸收的酶類，促進食物熱量的吸收，合成一定的維生素，對上皮細胞的再生和人體的免疫功能起著重要作用。
飲食習慣的改變導致腸道微生態系統改變、菌群的失調，因此改變了微生物代謝產物，其中一些對宿主會產生有害的影響，如使腸道通透性增加，形成全身的慢性、低水平炎癥，進一步破壞各臟器功能。但腸道菌群如此龐大，與人體的交互關系如此復雜，關于腸道菌群的更多細節的問題正在研究中。
飲食與腸道菌群▼
影響腸道菌群的因素眾多，飲食、年齡、發育、遺傳、疾病、抗生素、用藥、甚至激素水平和情緒壓力都影響并塑造著每個人獨特的腸道菌群，但是短期內，飲食內容以及飲食模式被認為是塑造腸道菌群最重要的驅動因素，長期來看，飲食也是調整和干預腸道菌群調整最有效和健康的選擇方式。
研究顯示，高纖維飲食能有效調節腸道菌群，并能通過此機制促進機體代謝平衡。而高脂肪含量的食物富含磷脂酰膽堿和膽堿，腸道細菌能將其轉化成三甲胺，氧化的三甲胺進入血液可導致動脈粥樣硬化，從而引發心血管疾病。
飲食建議▼
大量的流行病學研究證實，從傳統的植物性食物為主的膳食結構轉變為現代動物性食物為主的膳食結構是上述疾病流行的重要因素，合理飲食對調節腸道菌群平衡至關重要。所以《中國居民膳食指南2016》中提出了六條核心推薦條目：
推薦一：食物多樣、谷類為主
推薦二：吃動平衡、健康體重
推薦三：多吃蔬果、奶類、大豆
推薦四：適量吃魚禽蛋瘦肉
推薦五：少鹽少油、控糖限酒
推薦六：杜絕浪費
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